Важная отличительная черта голосеменных, равно как и покрытосеменных, — наличие семязачатка и образующегося из^ него семени.

У голосеменных семязачаток состоит из нуцеллуса (мегаспо-рангий) и интегумента (покров) с микропиле (пыльцевход).. Внутри семязачатка из мегаспоры, вырастает женский гамето-фит, который значительно редуцирован и представляет собой эндосперм с двумя архегониями. Редукция мужского гаметофита пошла еще дальше. У голосеменных — это пылинка, сформировавшаяся из микроспоры внутри микроспорангия и состоящая из нескольких проталлиальных клеток и одной антеридиальной.. Последняя в результате деления дает генеративную клетку и клетку трубки. Семязачатки, как и микроспорангии, возникают на особых побегах, называемых шишками. Семязачатки лежат открыто на видоизмененных листьях, называемых семенными чешуйками.